十六卫制度，是卫府制的高级阶段，是隋唐府兵制的结晶。府兵制，是一种建立在均田制基础上的兵农和一、寓兵于农的制度。在天下各地设置“军府”若干，“府兵”由各地军府从所在州县的农民中挑选，年二十入役、六十免役，平时在家生产、农闲训练(在唐代，“府兵”还要到京师“番上”)。但是，“军府”只是管理“府兵”的户籍和日常训练， 既不能统领“番上”的“府兵”，更没有战时指挥权。番上府兵，由十六卫大将军统领;战时指挥权，在皇帝选派的元帅手中。
卫府制，就是以“卫”统“府”。“卫”(十六卫)，既是卫戍京师的禁兵，又是统领天下“府兵”的领导机构。唐朝“十六卫”遥领天下657个折冲府(军府)，居中御外，卫戍京师，是府兵和禁军的合一。但值得强调的是，十六卫大将军对天下军府只是“遥领”，并不具备真正的战时指挥权。战时，如前段所述，由皇帝临时派行军大元帅为最高指挥官。
军府、地方州县长官、十六卫和行军大元帅互相制约，没有人能够单独控制军队。这样一来，虽然天下府兵驻地分散，仍然是皇帝能够直接控制的中央军队!
遗憾的是，中唐以后，均田制遭到破坏，府兵制土崩瓦解，十六卫(十二卫)丧失战斗力，从此之后，仅为仪饰之用。有宋一代，又有环卫“环卫官”十六卫，只是一种虚衔!
