朱元璋不杀朱棣历史并无记载，朱棣是朱元璋的儿子，所谓虎毒不食子，而且朱元璋在世时朱棣并没有范下要杀头的罪。朱元璋封朱棣为藩王，远离京城，就是为了保护文弱的朱允炆，因为朱允炆性格温和宽厚，根本不是杀伐决断的朱棣对手。朱棣骁勇善战，在北方军队中非常有影响力。朱允炆称帝后，虽采取削藩政策，但却不料朱棣发动靖难之役，起兵攻打朱允炆，最后朱允炆兵败下落不明，朱棣称帝，史称明成祖。
朱元璋晚年，为了巩固朱允炆的地位，功臣宿将被朱元璋诛杀殆尽。他没有将皇位传给自己的儿子朱棣，而是传给了孙子朱允炆。朱元璋为人十分注重正统，这也是朱棣不能做皇帝的主因。朱棣的母亲存在争议，朱棣虽自称是马皇后所生，但经历代学者考证，明成祖的生母不是马皇后。这也是他不能继承帝位的原因。
朱元璋为孙子朱允炆杀了很多功臣，后来秦王朱樉、晋王朱棡先后死去，朱允炆即位后，燕王朱棣势大难图，并与自己的心腹齐泰、黄子澄等密议削藩。不仅监视朱棣，还想调走他的军队，朱棣发动了靖难之役，最后成功登上了帝位。
