含氯消毒剂有多种杀菌功能，能消灭普通的细菌以及细菌繁殖体，主要是由于含氯消毒剂具有很强的氧化性，能够通过喷洒、附着的方式破坏细菌的核酸，以此达到杀菌的效果。含氯消毒剂还可以消灭常见病毒，需要稀释后喷洒使用。
1、普通细菌
含氯消毒剂对一般的细菌都具有消毒功能，如：金HS葡萄球菌、大肠杆菌等等。含氯消毒剂都具有很强的氧化性，通过氧化性分解细菌中的核酸，以此达到消灭细菌的原理。含氯消毒剂的气味都比较刺鼻，长时间吸入会引起呼吸道不适。
2、细菌繁殖体
含氯消毒剂可以有效消灭细菌繁殖体，主要是由于含氯消毒剂中的活性物质，能够有效破坏细菌的核酸，因此没有核酸的细菌无法复制增多，由此控制了细菌的繁殖。使用含氯消毒剂消毒的时候，一定要稀释原液后再使用。
3、病毒
含氯消毒剂还可以消灭一般常见的病毒，因此将消毒液与水以1:100的比例调配之后，喷洒在房间的各个角落，就能够有效的消灭病菌。含氯消毒剂都具有刺激性，因此在调配的过程中，一定要佩戴手套和口罩等保护工具进行操作。
