1、液化阶段：即由不产甲烷的微生物分泌的胞外酶，对有机物质进行体外酶解，把复杂的固体有机物质转变为可溶于水的物质。
2、产酸阶段：可溶解性物质在产酸细菌的作用下，进一步将分解代谢，生产出各种挥发的脂肪酸。故将此阶段称为产酸阶段。
3、产甲烷阶段：此阶段产甲烷菌大量繁殖，其分泌的酶将分解出来的简单有机物质转变成甲烷和二氧化碳等，利用氢还原二氧化碳成甲烷，或利用其他细菌产生的甲酸形成甲烷。
沼气发酵：
沼气发酵又称为厌氧消化、厌氧发酵，是指有机物质在一定的水分、温度和厌氧条件下，通过各类微生物的分解代谢，最终形成甲烷和二氧化碳等可燃性混合气体的过程。沼气发酵系统基于沼气发酵原理，以能源生产为目标，最终实现沼气、沼液、沼渣的综合利用。
