1、科属不同：裸鲤鱼属鲤科，裂腹鱼亚科，裸鲤属；鲤鱼属鲤亚科，鲤属。
2、外形特征不同：裸鲤鱼的体型较长，在60厘米左右，身体比较圆润；而鲤鱼的体型较短，在35厘米左右，身体较扁。裸鲤鱼除胸鳍上方和腹鳍至臀鳍两侧有大鳞外，其余全身没有鳞片；而鲤鱼除头部外，全身布满鳞片。
3、分布区域不同：裸鲤鱼仅分布于中国青海湖及其湖周支流，为高原低温盐碱性水域经济鱼类，喜栖息于滩边、大石堆间流水缓慢处；鲤鱼是在亚洲原产的温带性淡水鱼，分布在除澳洲和南美洲外的全世界，喜生活于平原上的暖和湖泊，水流缓慢的河川里。
