绿眼虫不是原核生物，是单细胞生物。绿眼虫，亦称眼虫，属原生动物门、鞭毛纲、植鞭亚纲、跟虫目，是体长约60微米的小梭形单细胞动物，前端钝圆、中后部稍粗，后端尖削体表为具弹性带斜纹的表膜（斜纹系因表膜沟和嵴所形成的）细胞质中偏后具一大核，因细胞内含有大量卵圆形的叶绿体而体呈绿色。
形态特征：
绿眼虫前端有一鞭毛，常作螺旋运动。鞭毛由胞咽经胞口通出，是由细胞质伸展形成极细小的丝状构造。在电镜下观察，每一条鞭毛由两部分组成：一是游离在胞体表面的部分称鞭毛；另一部分深入细胞质的称基体。鞭毛的横切面，外周是细胞膜，膜内具有二组微管结构的小纤维，即外围小纤维及中央小纤维。外围小纤维共9条，每条小纤维由2条亚纤维组成。中央小纤维由中央鞘包围。
