1、功能区别：荧光笔是用来做记号的笔具，而马克笔不仅能够作为书写用的记号笔，还能够作为专用的绘图彩色笔进行绘画。
2、颜料区别：荧光笔使用比较淡颜色的墨水，含有一定的荧光剂，当遇到紫外线的时候就会出现荧光反应。马克笔分为酒精性马克笔、油性马克笔、水性马克笔三种，其颜料具有一定的挥发性。
3、效果区别：马克笔是一种能够覆盖文字的记号笔，而荧光笔则不会覆盖文字。
马克笔：
马克笔是一种书写或绘画用的绘图彩色笔，本身含有墨水，且通常附有笔盖，拥有坚软笔头和双头。马克笔的颜料具有易挥发性，用于一次性的快速绘图。常使用于设计物品、广告标语、海报绘制或其他美术创作等场合。马克笔还有分为水性和油性的墨水，水性的墨水就类似彩色笔，是不含油精成份的内容物，油性的墨水因为含有油精成份，故味道比较刺激，而且较容易挥发。
