扬子鳄生活在水生生态系统中。水生生态系统是指水生生物群落与水环境构成的生态系统。水生生态系统在人类的生活环境中起着十分重要的作用。一方面，它在维持全球物质循环和水循环中具有重要的作用；另一方面，它还承担着水源地、动力源、交通运输、污染净化场所等功能。
特点：
水体为水生生物的繁衍生息提供了基本的场所，各种生物通过物质流和能量流相互联系并维持生命，形成了水生生态系统。其构成要素有生产者、消费者、分解者和非生物类物质四类。非生物类物质是指水、氧气、二氧化碳、氮和磷营养物质等作为生物生长原料的无机物质以及生物排泄物和死体等有机物质。生产者是指利用光能或无机物，合成有机细胞物质的生物，称为一级生产者。消费者是以生产者产生的有机物为食料的异养型生物，称为捕食者。分解者都是异养型生物，如细菌、真菌、放线菌及原生动物和一些小型无脊椎动物。它们分解生物死体和排泄物，使之成为简单的无机物质，供生产者再利用。
