导致酵母菌和根霉菌的带入量变大，如果后续工序需要停止发酵的话，加温时间和加入的化学药剂量会增大，一定程度上会影响口感。味道多为变苦。甜酒曲主要用于制作甜酒酿，在甜酒酿制作过程中，甜酒曲是主要的发酵制剂。
在发酵过程中糖化菌首先将糯米中的淀粉分解成葡萄糖，蛋白质分解成氨基酸，接着少量的酵母又将葡萄糖经糖酵解途径转化成酒精。这样就制成了香甜可口、营养丰富的甜酒酿。 甜酒曲中最主要的作用物质是根霉，常见的根霉有黑根霉（俗称面包霉），米根霉等。黑根霉最适宜的温度在30℃至35℃，37℃时不能生长，（ 也有说黑根霉的最适生长温度约为28℃，超过32℃不再生长）；而米根霉发育温度为30℃至35℃，最适宜温度为37℃，41℃时不能生长。
