刘松山从灵州开始南下，在这个途中必须要解决掉数以百计设防的村寨，而这些村寨几本都是三面环山，西濒黄河，易守难攻。而且拥有者火器的村寨的防守者们有都是马化龙的狂热信徒，致使刘松山不得不的缓慢前进。但他在1870年2月14日死于炮火之中。虽然他的能干的侄儿和前参谋军官刘锦棠(1844-1894年)设法保住了他的部队而未使之四散，但部队的前进停顿了下来。
刚巧就在这个时刻，马化龙发动的一次战线辽阔的攻势产生了引人注目的效果。马化龙使用了他曾经窝藏或帮助过的陕回，已于1月初在陕西的几个部分发动了骑兵突袭。在刘松山战死之前几天，陕西的东干人陈霖切断了刘松山在陕北的供应线。另一陕回马正纲现在也率领他的骑兵驰抵渭河流城。
2月15日他通过西安以东，渡过渭河，回到了东干人八年前发动叛乱的老地方。在甘肃，在金积堡南边，已进抵距金积堡不足50英里之处的左宗業部队，也在刘松山战殁之前两天吃了败仗。败仗又变成了溃退，清军不得不撤退到固原。这一连串挫折使得北京感到愕然，所以在3月降旨命李鸿章从湖北率领其有名的精兵赴陕，接管该省的战争事宜。
可是，左宗棠的军事态势还可以侥幸地立于不败之地。因为尽管事实上他需要远离供应地作战，尽管他的军事体系有许多弱点，但幸亏有他的运筹帷幄和北京的支持，使他在甘肃所得到的资源足与马化龙的资源相匹敌。突破左宗棠警戒线而返回陕西的东干人总数似不足4000人，他们被左宗棠派回陕西的骑兵及该省的其他部队所遏阻。
刘松山的死是一大打击，但只要将帅之间和官兵之间的融洽关系还未受到损害，勇营体系一尽管它有不公正和贪污受贿现象一的团结还仍然保持着。幸运的是，刘锦棠得心应手地接了他叔父的班。左宗棠马上任命刘锦棠为“老湘军”的统领，而且在1870年3月得到恩准，这又增加了这位年轻将官的声望。
他的陕北供应线仍被切断而不通，但军粮问题因有了用木筏沿黄河而下运到吴忠堡的粮食而得到了解决。这条路是由张曜打通的。早在3月10日，刘锦棠就再次迫近了金积堡。与此同时，甘肃东南的左宗業部队在有骑兵作战经验的川军将领徐占彪的率领下，甚至在李鸿章于6月份到达陕西以前(他于下月有新任务去直隶省)，就已返回到金积堡周围。
到了9月份，已有几支清军包围了马化龙的据点，与刘锦棠建立了直接的联系;刘锦棠此后取得保证，可以从左宗棠在甘肃的总部获得粮食和军火。旷日持久的消耗战终于弄得马化龙的基地粮秣告尽。到1870年9月，在金积堡周围500来个碉堡中刘锦棠荡平到只剩下一二十个了。
克虏伯的攻城炮从上海运到甘肃给刘锦棠，还送来个给曾国藩当过炮手的军官。炮弹没有能够炸开金积堡的厚厚的城墙(据说有35英尺厚)，但刘锦棠在10月份建造了一座高高的大炮阵地，居高临下，飞过城墙直接打人城内。金积堡的居民死亡相继，只靠草根和死人的尸骸充饥。
马化龙终于在1月份向刘锦棠缴械投诚;他交出的武器包括46门大炮、293 门土炮、1030支猎Q，以及180支洋Q。左宗棠暂缓处决马化龙，命令他劝说其他地方的甘肃回民也投降。可是，没有一个重要的首领出来降顺;当严密隐藏在金积堡的1200多支洋Q被清军查出来后，左宗棠下令处决了马化龙及其成年男性亲属。
马化龙的大约800名参谋和军官及1000名士兵被屠杀。幸存下来总数达1.4万名的壮健居民(包括多达11万名的陕西回民)被迁往平凉附近。那些衣食无着的2万名妇孺老人则被送往甘肃南部的难民营。清兵获准尽量搜括财物。1869年已投降刘松山的那些汉族血统的陕北劫掠者，则被鼓励携带家口迁居金积堡，使它变成个汉民城市。
马化龙死后，左宗棠相信，再也没有其他东干人领袖能够把出身各异的回民叛乱者纠集起来组成一一个大运动了。可是，在甘肃省的几个地方和毗邻的青海省还存在着一些强大的叛乱中心。正在这时，北京又因内外蒙古传来的消息而深为困扰。7月份，几百名来自甘肃的同民骑兵侵袭了多伦附近的内蒙古。
与此同时，一支更大的回民部队(他们发端于甘肃走廊，在前一-年曾抢掠和焚烧乌里雅苏台)穿过沙道，于10月初来到了距库伦仅几天路程的部落领地上。蒙古族军队和满洲军队穿越草原来保卫多伦和库伦。甚至直隶省的绿营练军也奉旨被调到库伦。这两股回民队伍似是在1871年11月即在俄国占领伊犁后四个月被击溃的。
