自动离职有工资，不论以何种形式离职，只要劳动者为用人单位付出劳动后，就相应地有获得劳动报酬的权利。不过公司可因自动离职作适度的工资扣减，但这必须建立在合乎程序的规章制度度之下，比如规章制度经民主程序讨论经大部分职工认可，进行公示，员工入职有进行培训并签名确认等，或者劳动合同中有约定。
【法律依据】
《劳动合同法》第50条，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
