当人们讨论秦始皇一生到底是功大于过还是过大于功的时候，难免会把焚书坑儒拿出来当一个典型例子。焚书坑儒肯定是秦始皇的罪过之一，但是关于焚书坑儒的真相却一直存有争议，秦始皇到底是坑儒还是坑术士呢?如果是坑的术士是不是就能证明秦始皇这项举措不是罪过而是功德了呢?毕竟当时这些术士练出来的东西都是害人的，难道秦始皇真被人冤枉了。
国史君(国史通论)认为，说秦始皇完全没有坑儒也是不对的。引发坑儒事件的主要责任人是欺骗秦始皇后又逃逸的术士韩终、以寻找不老药为借口花费秦始皇大量钱财的徐市(即徐福)、被秦始皇“尊赐甚厚”却诽谤秦始皇而后逃跑的术士侯生和卢生。的确，这几个肇事逃逸的，都是术士;让秦始皇震怒的也是术士。但是他没有坑儒吗——未必!
就在秦始皇钦定包含四百六十人的大清洗名单，并且“坑之咸阳，使天下知”之后，秦始皇的长子公子扶苏给秦始皇说了这些话：“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之”。很明显，秦始皇是因受术士欺骗、玩弄而震怒，但是他杀的人肯定包括儒生，甚至儒生占据的比例很大。所以公子扶苏才会说现在天下初定，屠杀并且向全天下宣布屠杀“诵法孔子”的儒生，对国家的统治是不利的。
历史学家范文澜先生在《中国通史》中写到，儒家荀子学派和法家学派早就与孔孟正统学派展开斗争，在秦朝建立之初，正统儒家在朝廷是有一定地位的，比如丞相王绾就是孔孟学派，但是他后来输给了荀子学派和法家学派。荀子本是儒家，但是他在孔孟的基础上进一步发展，主张“性恶论”，强调后天环境对人的影响。他的徒弟韩非和李斯正是在他的引导下，成为彻底的法家。
范文澜先生认为，正统儒家的失败，是因为他们师古复古的观念在秦朝是非常不合时宜的，在天下初定之后，丞相王绾等人认为六国刚刚覆灭，其中燕国、齐国、楚国离政治中心咸阳都太远了，不如分封皇子为诸侯王，镇守这些地方。秦始皇把这件事交给群臣商议，“群臣皆以为便”，唯独李斯认为战国持续几百年的战争，不正是因为周文王施行了分封制吗?只有施行郡县制才能保证国家长治久安，秦始皇听取了李斯的建议。
除了分封制，儒家诵诗书，主张恢复三代的政治体制，这都与秦朝几百年的政治理念完全不同。诗书都是歌颂的历代君王，当然包括六国的明君，秦始皇不能容忍。《尚书》歌颂圣王的治国理念，自认为“功高三皇，德迈五帝”的秦始皇不能容忍。儒家“子议父，臣议君”，秦始皇也不能容忍。
所以，秦始皇与孔孟学派的儒家积怨已久，坑儒事件的确是由方士引发，但是被杀的四百六十人中，儒生占据的比例一定非常大，说秦始皇坑儒，并没有冤枉他。
