腌制好的咸鸭蛋需要密封保存，存放在干燥、阴凉的地方，这样可以保证咸鸭蛋两三个月不变质。日常生活中，还可以把熟鸭蛋做真空处理，能保证鸭蛋放比较长的时间。
盐水腌制的咸鸭蛋，煮熟前不宜长期浸泡在腌制罐里，把生咸蛋拿出煮熟并晾干后可以再放回到盐水里，这样可以保存时间更长。
如果是包泥腌制的咸鸭蛋，这样的只要是不去掉泥巴，可以保存更久的时间。
咸鸭蛋在保存的时候要远离高温环境，如果是夏天比较热的时候，可以放进冰箱冷藏室里存放，注意不要冷冻，因为冷冻过的咸鸭蛋十分难吃。
如果是冬季比较冷，这个时候可以将其存放在干燥通风的地方，不要存放在太阳暴晒处，选择阴凉的地方最好，比如厨房储藏柜顶部，楼梯下面。
另外，咸鸭蛋虽然可以保存很久，但是这种食物尽量不要存放太久，不然食物的口感会发生变化，十分影响我们的使用感。
