两者区别主要有以下几点：
1、适用法律不同，个人独资企业依照《个人独资企业法》设立，个体工商户按照《个体工商户条例》等规定设立;
2、个人独资企业只能由个人出资设立，而个体工商户既可以由一个自然人设立，也可以由家庭出资设立;
3、个人独资企业投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任，只有在企业设立登记时明确以家庭共有财产作为个人出资的，才依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任;而个体工商户的债务如属个人经营的，以个人财产承担，如属家庭经营的，以家庭财产承担;
4、个人独资企业是经营实体，是一种企业形态，个体工商户不采用企业形式。一般认为属于“个人”。
法律依据：
《中华人民共和国个人独资企业法》第二条，本法所称个人独资企业，是指依照本法在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。
