分子是指保持物质化学性质的最小粒子。原子是指化学变化中的最小粒子。元素是指具有相同的核电荷数（即核内质子数）的一类原子的总称。
由分子构成的物质，分子是保持物质化学性质的最小粒子。原子是化学变化中的最小粒子。分子与原子都是构成物质的一种粒子，质量和体积都非常小，彼此间有间隔，在不停地运动，都既有种类之分，又有个数之别，都不显电性。分子总是在不断的运动，分子之间有间隙。
所有原子中最简单的是只包含一个电子的氢原子，复杂的原子则可以包含上百个电子。电子象云（电子云）一样分布在原子核周围的空间,因为它是按几率分布的,所以电子云具有不同的形状和伸展方向。分子是原子的结合体。
原子是构成物质的最小粒子。是不对的，原子又可以分为原子核与核外电子，原子核又由质子和中子组成，而质子数正是区分各种不同元素的依据。质子和中子还可以继续再分。所以原子不是构成物质的最小粒子，但原子是化学反应中的最小粒子。
