咸蛋虽然不易腐坏，但一煮熟就不容易保存了。贮存时要注意防止蛋内失水，咸蛋一旦失水，就会导致蛋白发黑，咸度会增加。对用不同的腌制方法加工的咸蛋，应采取不同的方法保存。
如果是夏天比较热的时候，可以放进冰箱冷藏室里存放，注意不要冷冻，冻过的蛋很不好吃。一般放在冰箱上层冷藏室就行了。如果在冬天比较冷时，可以把熟蛋放在干燥通风的地方即可。注意不要放在太阳暴晒处，选择阴凉的地方最好。比如厨房储藏柜顶部，楼梯下面等。对于用盐水腌制的咸蛋，煮熟前不宜长期浸泡在腌制罐里，把生咸蛋拿出煮熟并晾干后可以再放回到盐水里，随吃随取，这样既能保证熟咸蛋长时间放置不变质，也不会让蛋越放越咸。如果是包泥腌制的咸蛋，应保持泥皮湿润，可定期用湿布给蛋保湿，并置于阴凉处，这样能保证蛋半年不坏。可以把熟蛋做真空处理，能保证蛋放比较长的时间，这需要专门的仪器。
