在股票市场中，沪港通和深港通的定义不同、互联互通的双方不同、标的不同等等。
沪港通是指上海证券交易所和香港联合交易所允许两地投资者通过当地证券公司（或经纪商）买卖规定范围内的对方交易所上市的股票，是沪港股票市场交易互联互通机制。而深港通指的是深圳证券交易所和香港联合交易所有限公司建立技术连接，使内地和香港投资者可以通过当地证券公司或经纪商买卖规定范围内的对方交易所上市的股票，属于深港股票市场交易互联互通机制。
虽然，沪港通和深港通的港股通是市值50亿港币以上的恒生综合小型股指数成份股，但最大的区别在于深市有中小板和创业板，深市的成长股是沪港通和港股市场的补充。深港通与沪港通对比，深港通的标的就不局限于AH股同时上市，而还包含深市成份股，由于深市成份股与沪市有很大区别，这会使香港市场的投资范围扩大。
