公司克扣工资的，劳动者可以向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门责令公司限期支付工资。如果公司逾期不支付的，劳动行政部门可以责令公司向劳动者加付赔偿金。另外劳动者还可以向当地的法院申请支付令。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条
用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
第八十五条
用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的。
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
（三）安排加班不支付加班费的。
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
