建筑形式不同、高度不同、等级不同、材料不同、装饰不同、风格不同。
区别一：建筑形式不同
沈阳故宫的大政殿和十王亭组合来源于满族传统，建筑形式来源于汉族民间传统。
北京故宫主要建筑形式，以及组合皆来源于中原传统宫殿建筑，正殿没有八角攒尖亭式建筑。
区别二：高度不同
沈阳故宫“宫高殿低”，清宁宫建于高台之上，高于崇政殿。
北京故宫三大殿都建于高台上，高于寝宫。
区别三：等级不同
沈阳故宫主要建筑皆采用民间硬山式，等级比较低。
北京故宫主要建筑则采用传统宫殿建筑的庑殿顶，属于最高等级。
区别四：材料不同
沈阳故宫建筑采用黄琉璃瓦加绿剪边。
北京故宫都是黄琉璃瓦。
区别五：装饰不同
沈阳故宫建筑受喇嘛教影响明显，比如方柱柱头兽面、檐下装饰、藻井彩色绘画等。
北京故宫建筑装饰都属于传统特色。
区别六：风格不同
沈阳故宫的清宁宫，主要体现满族的建筑习惯，口袋房、万字炕、烟囱建在地面上。
北京故宫只有坤宁宫仿清宁宫，其他寝宫皆为中原传统形式。
区别八：结构不同
沈阳故宫的大政殿和崇政殿都是“彻上明造”，在梁架上彩画。
北京故宫的三大殿都加装了天花板不覆顶。
区别九：文化不同
沈阳故宫门额上的字，都是满文在左，汉文在右。
北京故宫的正好相反。
