12世纪末至13世纪是元朝。元朝(1271年—1368年),由蒙古族建立,是中国历史上首次由少数民族建立的大一统王朝。定都大都(今北京),传五世十一帝,历时九十八年。1206年,成吉思汗铁木真统一漠北建立蒙古帝国后开始对外扩张,先后攻灭西辽、西夏、花剌子模、东夏、金等国。蒙哥汗去世后,引发了阿里不哥与忽必烈的汗位之争,促使大蒙古国分裂。1260年忽必烈即汗位,建元“中统”。1271年,忽必烈取《易经》“大哉乾元”之意改国号为“大元”,次年迁都燕京,称大都。
1279年(至元十六年),元军在崖山海战消灭南宋,结束了长期的战乱局面。之后元朝持续对外扩张,但在出海征伐日本和东南亚诸国时屡遭失利,如元日战争、元越战争、元缅战争、元爪战争等。政治始终未上正轨。后期政治腐败,权臣干政,民族矛盾与阶级矛盾日益加剧,导致元末农民起义。1368年,朱元璋称帝建立明朝,随后北伐驱逐元廷攻占北京。