1、营养价值不同：乳酸菌饮料的蛋白质含量一般在0.7-1.0%之间，而酸奶的蛋白质含量要远高于此。而且喝乳酸菌饮料只能获取较多的乳酸菌，喝酸奶则可以获取较多的乳蛋白和乳钙，较低的乳糖和一定数量的乳酸菌。
2、性质不同：乳酸菌饮料是含乳饮料的一种，是以乳或乳制品为原料，经乳酸菌发酵制得的乳液中加入水、白砂糖和甜味剂、酸味剂、果汁、茶等配料调制而成的饮料。而酸奶则是以牛奶为原料，经过巴氏杀菌后再向牛奶中添加有益菌，发酵后再冷却灌装的一种牛奶制品。
3、口感不同：由于乳酸菌饮料在制作的时候加了水、果汁、茶等多种配料，所以口味上会比较清淡，有多种不同的口感，但奶味不浓。而酸奶口感醇厚绵软，质地比较粘稠，喝起来有着浓郁的奶味，酸甜爽口。
