混血儿的坏处就是可能会有更多的显性基因，而这些基因中很有可能会有疾病基因。
混血儿由于既继承了父系疾病基因，也继承了母系遗传疾病基因，相比纯种，疾病基因会更多，只是大部分隐藏不显罢了，但实实在在存在。初代混血不表现，在二代三代等，也会表现出来。
混血儿好的很好，坏的更坏，因为混血的基因型和表现型比纯血的离散，养混血儿就像赌博，赢了一时，输了一世。加上现在基本都生一两个，单线型的遗传更承受不起离散的风险!一旦出现，基本代表传承会断。
近现代混血儿的产生与地理大发现有关。1500年4月22日，葡萄牙殖民者卡布拉尔一行登上了巴西土地，在沿海地区考察了9天，随后留下2名死囚便离开了巴西。这2名死囚与当地印第安人结合，形成了最早的混血种人。
历史回溯来看，现代欧亚人是人类和其远亲尼安德特人的混血儿，现代欧亚人基因里存在1.5%到4%的尼安德特人基因（在大脑和睾丸中几乎不作用），两个物种之间的杂交可能只发生了4次，一些疾病与尼安德特人基因密切相关。
