因为南明存在的时间很短，政权不稳定，没有稳定的疆域，所以南明不被正史承认。李自成推翻明朝统治后，南明便在南方悄然而生。当时明朝宗室和一大部分文武大臣逃往南方，他们在南方拥立明朝皇室宗族成立了南明小朝廷，而第一任南明皇帝叫做朱由崧，史称弘光皇帝。
但遗憾的是，南明没有被正史承认，只当做是小朝廷，而那时满清打败大顺政权，入主中原，接替大明成为了正统。值得一提的是，连推翻明朝的李自成大顺政权都没有计入朝代表，何况是偏安一隅的南明。
当年金人南下，掠走宋徽宗宋钦宗以及大量皇室成员、后宫妃子、大臣、宫女等等，史称为“靖康之变”。而康王赵构幸免于难，并在北宋遗臣拥护下，到陪都南京应天府登基称帝，建立南宋政权，史称宋高宗。南宋延续了北宋一百五十多年的光辉，是被正史承认，所以宋朝又分为北宋和南宋。
南明存在的时间很短暂，从1644年到1683年，从弘光政权建立到台湾延平王降清，最后一支明朝抗清势力覆灭，这中间不过三四十年。南明历经四帝一监国，分别是弘光政权、鲁王监国、隆武政权、绍武政权、永历政权，明郑时期。其中有的政权几个月就消亡了，有的长达十几年而已。
而南宋存在了一百五十多年，南明只是南宋一个零头。同时南明政权更新太快，有时南明监国不止一个，甚至中后期，南明同一时间存在两个皇帝，一个是邵武皇帝另一个是永历皇帝，这两个南明皇帝为了争谁是正统还打了一架。
南明内部太乱了，政权又不稳定，很难被认定是正式行政体系。除了政权不稳定外，南明地盘也不稳定，在弘光元年时期，南明还占据着半壁江山，而到了永历后期，不过才过了十几年，南明只剩一省之地，再后来连这最后一省也丢了，永历皇帝则逃亡缅甸，成为流亡皇帝。最后，吴三桂逼缅甸国王交出了永历皇帝，后吴三桂将其绞杀在昆明，至此，南明覆灭。
