杂交水稻和普通水稻的性质不同、育种不同、谷壳厚度不同、外稃痕迹不同、谷类颜色不同、种子形状不同。杂交水稻是选用两个遗传有差异，但可以互补的优良水稻品种进行杂交，而普通水稻属谷类作物。
我国是世界上第一个成功研发和推广杂交水稻的国家，随着杂交水稻的应用推广，使单位面积产量得到了提高并减少了用种量。那么，杂交水稻和普通水稻的区别是什么？
1、性质不同
杂交水稻是选用两个在遗传上有一定差异，同时它们的优良性状又能互补的水稻品种进行杂交，生产具有杂种优势的第一代杂交种。而普通水稻的性质是，稻属谷类作物，是自花授粉作物。
2、育种不同
杂交稻是通过不同的水稻结合产生的种子，杂交稻是需要有父本和母本，才能够产生种子，这就是杂交水稻的优势，而且杂交水稻抗病能力非常优越，普通水稻种子不具备这样的育种优势。
3、谷壳厚度不同
谷壳轻薄的为杂交水稻种子，谷壳较厚的为普通水稻种子。
4、外稃痕迹不同
外稃和内稃交界处有一个小黑圆点的是杂交水稻，无黑点的是普通水稻。
5、谷类颜色不同
杂交水稻的种子谷尖多呈紫色；普通水稻种子谷尖大多无色。
6、种子形状不同
一般籼稻的杂交种细长，粳稻的种子较圆；杂交稻种子的腹部呈凹形，而非杂交稻种子腹部呈直线。
