新冠疫苗两针和三针的唯一的区别是这两者的种类不同，需要打三针的是重组蛋白疫苗，打两针的是是灭活疫苗。无论是哪种疫苗，它们的效果和适用人群都是一样的，并且在上市之前，都是经过药监部门审查批准的，其安全性、有效性都是有一定数据做支撑的，可以放心接种。
市面上有三类疫苗，其需要接种的次数都不同，要是注射的腺病毒载体疫苗的话，可采取单针免疫，不需接种第二针。 但要是选择灭活疫苗的话，需要接种两针，第二针在打完第一针之后的3-8周内打完即可，选择重组蛋白疫苗的话，则需要打三针，第二针在第一针后的4周以上8周以内，第三针则在间隔第二针的4周以上，第一针的6个月以内。
灭活疫苗是将培养扩增的活病毒通过物理和化学的方法杀灭以后，经过系列纯化技术制备的疫苗。其主要特点是疫苗的成分和天然的病毒结构比较相似，免疫应答也比较强，具有良好的安全性；疫苗比较稳定，能在2-8℃的环境中保存两到三年，运输方便；目前在使用的两种灭活疫苗均采用两针的基础免疫程序。
重组蛋白疫苗是将最有效的抗原成分通过基因工程的方法，在体外细胞中来表达。体外细胞是工程细胞株在生物制品中常用到的细胞，类似于工业发酵的方式，最后制成疫苗。整个生产过程是蛋白表达和纯化的过程，没有活病毒参与，所以生产过程是安全的，也容易大规模生产。从过去重组蛋白疫苗的使用和前期实验结果来看，重组蛋白疫苗安全性是可以保证的，不良反应率比较低。安徽智飞龙科马的重组蛋白疫苗采用三针的基础免疫程序。
