1、浓缩胶的作用：浓缩胶有堆积作用。带电荷的蛋白质或核酸离子在大孔径胶中移动时阻力小，移动速度快，当接近小孔径的分离胶时，遇到的阻力大，移动速度减慢而使样品浓缩，形成一条狭窄区带，以减少电泳过程中的谱带扩散。
2、分离胶的作用：蛋白质或核酸在电泳过程中由浓缩胶进入分离胶，由于分子筛作用，小分子的物质容易通过，阻力小，迁移速度快；大分子的则受到较大的阻力而被滞后。
浓缩胶：
浓缩胶有堆积作用，凝胶浓度较小，孔径较大，把较稀的样品加在浓缩胶上，经过大孔径凝胶的迁移作用而被浓缩至一个狭窄的区带。当样品液和浓缩胶选pH6.8的TRIS/HCL缓冲液，电极液选TRIS/甘氨酸。电泳开始后，HCL解离成氯离子，甘氨酸解离出少量的甘氨酸根离子。蛋白质带负电荷，因此一起向正极移动，其中氯离子最快，甘氨酸根离子最慢，蛋白居中。电泳开始时氯离子泳动率最大，超过蛋白，因此在后面形成低电导区，而电场强度与低电导区成反比，因而产生较高的电场强度，使蛋白和甘氨酸根离子迅速移动，形成以稳定的界面，使蛋白聚集在移动界面附近，浓缩成一中间层。大大提高了电泳的灵敏度。
