抵扣时，增值税专用发票能抵扣，增值税普通发票不可以抵扣。开具发票时，增值税专用发票需要购货方详细的资料信息，增值税普通发票则不需要。使用时，增值税专用发票是无限制时间的，增值税普通发票的使用期限是2个月。只有增值税一般纳税人才能开具增值税专用发票.作为既有普通发票又有增值税专用发票的单位来说,开具这两种发票所交的税都是一样的(两种发票税率是一样的)。
增值税普通发票和普通发票，这两者的主要区别是，增值税普通发票是增值税发票管理系统打印出来的，也就是我们常说的防伪税控系统，可以通过这个系统查验真伪。此外，这两者在作为财务记账凭证、所得税税前抵扣凭证的作用是一样。
最大的一点区别：采购方拿到增值税专用发票，发票中的税额作为进项税，可以抵扣销项税，而普通发票不行。缴纳增值税的时候不能抵扣税额，原材料的成本就变高了，影响企业的现金流，也影响企业的利润。
一般纳税人身份申请了税控设备，可以自行开增值税专用发票。小规模纳税人通常只能开增值税普通发票，开增值税专用发票，要去税务机关代开（目前，部分行业已经放开，住宿业、鉴证业、建筑业、软件和信息技术服务业、工业以及信息传输纳入试点范围，可以自行开具增值税专用发票）。个人（不是个体户）只有出租不动产，承租方不属于个人，可以向地税局申请代开增值税专用发票。
