1、性质不同：
（1、棚户区改造：是为惠民利民民心工程，实施棚户区改造的根本目的是改善群众的居住条件，兼顾完善城市功能、改善城市环境。
（2、房屋拆迁：是指因国家建设、城市改造、整顿市容和环境保护等需要，由建设单位或个人对现存建设用地上的房屋进行拆除，对房屋所有者或使用者进行迁移安置并视情况给予一定补偿的活动。
2、补偿标准规定不同：
（1、棚户区的改造补偿：通常是居民补偿，又分为货币补偿和产权置换补偿。
（1）产权置换包括:1：1.5的面积置换；
（2）房屋重置成新价格，即把房屋折算成价格，其与房屋的新旧、装修、结构均有关系；
（3）其他的搬迁奖励。
（2、房屋拆迁补偿：指拆迁人对被拆除房屋的所有人，依照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定给予的补偿，拆迁补偿方式包括：
（1）货币补偿；
（2）房屋产权调换；
（3）还可以选择货币补偿和产权置换相结合的补偿方式。
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二条、第十九条规定，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人给予公平补偿。对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。
3、主导方式不同：
棚户区改造为政府主导并实施操作，改造按照“政府主导、市场运作”的原则实施。政府除了鼓励地方实行财政补贴、税费减免、土地出让收益返还等优惠政策外，还允许在改造项目里，配套建设一定比例商业服务设施和商品住房，支持让渡部分政府收益，吸引开发企业参与棚户区改造。
房屋拆迁为政府引导或准予，可由人民政府组织统一拆迁，自行拆迁，委托拆迁三种形式。
（1、人民政府组织统一拆迁。
即由人民政府或其专门委托的单位统一进行拆除、补偿、安置等工作。它是国家提倡和鼓励采用的拆迁方式，《拆迁条例》规定：“有条件的城市和城市中实行综合开发的地区，应当实施统一拆迁。”
（2、自行拆迁。
它是指拆迁人自己对被拆迁人进行拆迁安置和补偿。主要拆迁业务人员必须在拆迁主管机关进行培训，取得拆迁资格证书后才能上岗。
（3、委托拆迁。
它是指拆迁人将房屋拆迁的补偿和安置工作委托他人进行。被委托人应当是取得房屋拆迁资格证书的单位。
棚户区改造的房子能否办房产证
棚户区改造的房子能办理房产证，只是比较麻烦，时间会久一点。为鼓励棚户区居民按期拆迁，调动承接城市棚户区改造项目的房地产开发企业建设积极性，凡列入全省棚户区改造计划的棚户区改造项目均可享受地方优惠政策。
