多数日本所谓主流历史学者认为这个奏折是伪造：一直以来都只发现奏折的汉文版本，而不见日语原文。
曾作为“日本图谋征服世界的证据”在远东国际军事法庭被提出，可是美国籍辩护律师反驳“文章的记述矛盾点多”，另外，盟军在日本的档案中从未发现该文件的存在。结果，有关“日本图谋征服世界的证据”不足，没有成立。（值得注意的是就算远东国际军事法庭已未加以采认，至今却仍被以假当真，继续用来作为反日教育的题材）。
有日本历史家推测，制造了田中奏折的，就是收到奏折文本的张学良秘书王家桢。
疑点：上奏天皇只能经由内大臣，并没有宫内大臣这条管道。
疑点：文中提到田中在欧美旅行之归途受到中国人攻击。→是在上海遭到朝鲜人攻击。无弄错自身经历可能。
疑点：文中提到山县有朋协调制定打开九国公约困境的策略。→但当时山县有朋已死。无签约可能。
疑点：文中提到中国政府建造了吉海铁路。→上表文时间为昭和2年，中国吉海铁路竣工是上表后两年后的事。（吉海铁路确实于1927年开工，1929年才竣工）
疑点：本年（昭和2年）予定于东京开办国际工业电気大会。→当时没有这个大会，倒是国际工业动力会议首办于昭和4年10月。
疑点：此上奏文不符日本上奏文的格式。
疑点：此上奏文之用句，与日本当时的用词大相迳庭。
疑点：田中因为东北事件处理不当，被天皇一怒之下革职，没有机会上奏。
疑点：内容、日期表记错误极多，如宫内大臣“一木喜德郎”误为“一木喜德”（见条目附图）。
疑点：虽有诸国语言，却独独没有日文版，非但原文不存，连传述版皆无。
疑点：台湾商人偷偷潜入日本天皇皇居，躲匿书房二日，抄写翻译而出。→如何潜入？
日方投降之前曾大量销毁文件及证据，从此种行为推测不排除其销毁此证据的可能性。
重光葵在远东军事法庭上说明：日本在中日战争中的战略行为近似《田中奏折》中所叙。
该奏折在战败之前是机密内容，而此类内容经常在一定时间后销毁，字词错误仅是传抄中出现的问题。
主张《田中奏折》确有其事的人从大量线索入手，进行了深入调查考证，认为断定奏折非真品的说法依据不足。
一个证明，就是在《田中奏折》公开后，中国官员在国联有关会议上透露了文件抄自日本皇家书库。日本当局随即将书库官员小下勇以下28人全部免职。而蔡智堪也遭到拘捕，身陷囹圄，财产损失殆尽。
从日本一些军政要人的回忆与只言片语中，也能找到奏折存在的蛛丝马迹，如公开否认奏折真实性的重光葵在自己的回忆录中却提及，他曾向田中义一查询奏折情况，田中答复“非出本意”，意思说奏折是按“东方会议”精神写的，非出田中本人之意。近年来，研究人员还根据新发现的材料，对否定《田中奏折》存在的种种观点提出了反证。
学者们进而指出，证明《田中奏折》不是伪造的最重要的依据，就是日本在1927年以后采取的侵略扩大行动步骤和事实，与《田中奏折》中所作的战略规划如出一辄———有哪个人有如未卜先知的神仙一样，能在1928年就十分准确地预言，日本在“征服满蒙”之后开始对中国的全面侵略，在霸占了中国大部领土后，又开始了突袭珍珠港、进攻东南亚各国的征服亚洲、世界的道路呢？
70年来，关于《田中奏折》真伪的争论一直持续不断，也没拿出令人无话可说的事实和结论来。其实，历史已雄辩地证明，日本军国主义者征服中国、亚洲和世界的野心和计划，不管是否曾以《田中奏折》的方式形诸文字，也早已成为他们基本国策———因为有无《田中奏折》一事，也决不能改变日本军国主义的罪恶历史。
