根据种子休眠产生的时间可分为初生休眠（收获时即已具有的休眠现象）和次生休眠（原来无休眠或解除休眠后的种子由于高湿、低氧、高二氧化碳或缺乏光照等不良环境条件而诱发的休眠）。 种子休眠的原因可归为两大类：第一类是胚本身的因素造成的，包括胚发育未完成、生理上未成熟、缺少必需的激素或存在抑制萌发的物质。这种休眠可用低温层积、变温处理、干燥、激素处理等方法来解除。
第二类是种壳（种皮或果皮等）的限制造成的，包括种壳的机械阻碍、不透水性、不透气性以及种壳中存在抑制萌发的物质等原因。这种休眠可用物理、化学方法破坏种皮或去除种壳来解除休眠。
