1、口味区别：千禧果皮更薄，果肉更软，非常甜，水分更足，更像是水果。2、外观区别：千禧果是圆脸，个头比圣女果小一号，色泽艳丽，呈深红色。圣女果体型一般是偏狭长的，尾部比较尖，色泽偏黄。3、产地不同：千禧果产地有海南和两广，由于海南岛光照充足，雨量充沛，此地自然生长成熟的千禧果味道特别纯正。圣女果对生长环境要求不高，在我国大部分地区都可以种植，产量也比较高，一般从当年的7-8月份的时候开始一直到第二年的2月份都有圣女，产量也大。4、来历区别：千禧果是从圣女果的优选品种中培育出的新品种。圣女果是从中国台湾引进来中国内地。
樱桃番茄的野生种是大果型番茄的祖先，起源于南美洲安第斯山一带。经人们不断选择培育而成。樱桃番茄以其成熟多汁的浆果供食。既可生食也可熟食，但更适宜生食。果型整齐，糖度高，色泽鲜艳，不裂果，口味香甜鲜美，并耐冷藏。樱桃番茄中含有丰富的维生素C，其含量是西瓜的10倍。
