1、物质科学与技术领域：包括同步辐射、核科学与核技术、高能量密度物理、有机化学与有机材料、无机非金属材料和金属材料、天体物理、天文地球动力学和技术方法等项目。
2、信息科学与技术领域：包括通信技术、微电子技术、光电子技术、激光技术、红外技术等项目。
3、生命科学与技术领域：包括生物化学与分子生物学、细胞生物学、神经生物学、植物生理学、分子遗传学、创新药物和生物技术、病毒学与免疫学、健康营养研究等项目。
中国科学院上海分院：
是中国科学院的派出机构，负责联系和管理中国科学院在上海、浙江和福建地区的研究院所工作。其科研业务工作归口中国科学院，日常行政工作受上海市领导。上海分院始于1950年3月经政务院批准成立的中科院华东办事处，接管并改造了原国立中央研究院、国立北平研究院在上海、南京的研究机构，1955年2月更名为上海办事处，1958年11月成立上海分院，1961年改为华东分院，1970年中科院撤消分院体制，1977年11月恢复成立中科院上海分院。
