1、笔头：水彩笔笔头通常是圆的，而马克笔笔头是扁的。
2、笔性：马克笔分水性和油性2种，而水彩笔只有水性1种。
3、叠色：马克笔能叠色，而水彩笔不能叠色，且马克笔比水彩笔更容易上色。
马克笔：
又被称为记号笔。是一种书写或绘画用的绘图彩色笔，本身含有墨水，且通常附有笔盖，一般拥有坚软笔头和双头，马克笔的颜料具有易挥发性，用于一次性的快速绘图。常使用于设计物品、广告标语、海报绘制或其他美术创作等场合。可画出变化不大的、较粗的线条。箱头笔为马克笔的一种。马克笔还有分为水性和油性的墨水，水性的墨水就类似彩色笔，是不含油精成份的内容物，油性的墨水因为含有油精成份，故味道比较刺激，而且较容易挥发。如果玩具掉漆可以用马克笔补色。
