颜料区别：荧光笔使用比较淡颜色的墨水，含有一定的荧光剂，当遇到紫外线的时候就会出现荧光反应。马克笔分为酒精性马克笔、油性马克笔、水性马克笔三种，其颜料具有一定的挥发性。
功能区别：荧光笔是用来做记号的笔具，而马克笔不仅能够作为书写用的记号笔，还能够作为专用的绘图彩色笔进行绘画。
效果区别：马克笔是一种能够覆盖文字的记号笔，而荧光笔则不会覆盖文字。
荧光笔：
荧光笔是近几年产生的做记号用的笔，用较粗、较淡的墨水覆盖关键部位来做记号，做上记号后，不遮挡住文字一目了然。荧光笔有荧光剂，它遇到紫外线（太阳光、日光灯、水银灯比较多）时会产生荧光效应，发出白光，从而使颜色看起来有刺眼的荧光感觉，常用于办公学习。
