在昆山腔的发展中魏良辅对其进行了改良。改良后的昆山腔成为明代中叶至清代中叶影响最大的声腔剧种。明代嘉靖年间，魏良辅跟昆曲关系最重大的事有两件：一件是嘉靖二十六年或二十二年写了一本研究昆山腔改造的著作《南词引正》；一件是嘉靖三十九年前后，魏良辅创造了“水磨调”的唱法，而且使水磨调的唱法成为昆山腔的正宗。经改革的昆山新腔更是柔美婉转、清俊温润。魏良辅与张野塘也改良了北曲昆唱，即用昆腔唱北曲须唱的“字清腔劲”。在当时，魏良辅昆腔的唱法在流传的过程中也有稍稍的变化，形成了昆山、苏州、无锡三派，各具风格。
