脊索动物门分为3个亚门，10个纲，3个亚门分别为尾索动物亚门、头索动物亚门、脊椎动物亚门。脊索动物门是动物界最高等的一门，也是发展得最成功的一类。其共同特征是在其个体发育全过程或某一时期具有脊索、背神经管和鳃裂。
脊索动物：
无疑是由无脊椎动物起源的。而其中的棘皮动物和半索动物与脊索动物的亲缘关系较近的观点为大多数人所接受。经推测，脊索动物的祖先可能类似于尾索动物的幼体，它向两个方向发展，一是经过变态，成体为固着生活，具鳃裂作为取食和呼吸器官；另一个方向是幼体期延长并适应新的生活环境，不再变态，产生生殖腺并进行繁殖（即幼体性成熟），进而发展出新的一类动物，即具有脊索、背神经管和鳃裂的自由运动的脊索动物；之后分化为有颌类（鱼类祖先）和无颌类。脊索位于消化道和神经管之间的一条棒状结构，具有支持功能，所有脊索动物的胚胎期具有脊索，但在以后的生活中或终生保留（尾索动物亚门、头索动物亚门），或退化并被脊柱代替。
