（1）机械性消毒：是用清扫、洗刷、通风等手段清除环境中的病原体，是消毒时首先采用的方法。
（2）物理消毒：是用高温、干燥、紫外线、红外线等方法消灭病原体。煮沸消毒是最常使用也是比较确实的消毒方法。对于不怕火的物体可用火焰消毒，如鸡舍、鸡笼等效果非常好。
（3）化学消毒：是指用化学药品杀死病原体的方法，是消毒过程的重要环节，消毒剂的种类很多，不同的种类有不同的用途和使用方法，如火碱、石灰水多用于环境消毒，甲醛多用于熏蒸消毒，漂白粉和碘制剂以及一些季胺盐类消毒剂可用于饮水消毒等。
（4）生物消毒：生物热消毒法多用于对鸡粪的无害化处理，常采用堆积法，利用发酵产热杀菌消毒。
消毒方法是否正确、彻底程度如何，将会使消毒的效果产生天地之别，这就要求在进行消毒时，一定要控制好以上各种影响因素。如果消毒工作变成不可靠的例行公事，不但不会使病原体减少，相反，由于思想麻痹，将会助长病原体的泛滥，侵害鸡群；无效的消毒水很可能变成病源体的传播媒介。
