农商银行和农村信用社属于完全独立的两类银行，它们在银行性质、发起人、管理方式、经营模式等方面都存在很大差异。
农商银行的服务目标趋向于普通商业银行，包括企业和个人，也包括城市和农村，甚至可以跨省开设分行。农村信用社的服务对象主要是农民，服务区域以本地为主。
农商银行的业务受农商行总行指导，受银监会监管。而农村信用社属于独立的金融机构银行，受省联社监管。
因此储户在农商银行和农村信用社之间办理的业务都属于跨行业务。不过农商银行和农村信用社也是存在关联的，目前很多农村商业银行是由农村信用社改组而成，改制后的农商行在资产规模、金融服务项目等方面要比农村信用社更具优势，出现信用风险的概率也越低。
