1、补偿标准低
土地管偿标准授权由省、自治区、直辖市具体规定。而有的省、自治区、直辖市人民政府违反立法法的规定，没有严格按照授权目的行使该项权力，将该授权给下级行政机关，下级行政机关为了减少土地储存成本，维护地方政府利益，通常将补偿标准规定较低。
2、随意性大
在农民房屋拆迁补偿纠纷案件中，有的拆迁人暗箱操作，与被拆迁农户签订拆迁安置补偿协议严重缺少公开、公平性，对同样被拆迁农户的房屋，在同等的条件下，得到的安置补偿结果不一样;另外，有的农村集体经济组织依法收回土地使用权的补偿标准，交由村民会议按照民主议定程序决定，补偿标准随意性大。
3、拆迁协议凸显家事代理性
在农村，集体土地上的房屋一般仅办理了集体土地使用权证，而未办理房屋所有权证。
