1、存在时间不同：理藩院存在于清朝，宣政院存在于元朝。
2、功能不同：理藩院是清朝统治新疆、回部、西藏等少数民族的最高权力机构，也管辖部分外交事务。宣政院是掌管全国佛教事宜和藏族地区的军务事务机构。
3、机构设置不同：理藩院设六司，分掌爵禄、朝贡、定界、官制、兵刑、户口、耕牧、赋税、驿站、贸易、宗教等政令。宣政院下设同知、副使、参议金院各二人。
理藩院：
理藩院是清朝政府统治蒙古、回部及西藏等少数民族的最高权力机构。洋务运动前也负责处理对俄罗斯的外交事务。理藩院初掌蒙古事，随着清廷全国政权的建立，更为总管蒙古、西藏、新疆等各少数民族地区事务的中央机构。清统治者通过理藩院实施对各少数民族地区的统治，加强与他们的联系。康熙年间，修定《理藩院则例》，用法规固定了对少数民族地区统治的各项措施。
