经用人单位和当事人双方协商，通过微信发工资合法。电子数据是合法的证据类型，在劳动争议产生是可以通过微信作为证据，但需要腾讯公司配合，同时缺乏明确的认证规则和专门的电子证据鉴定机构。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《劳动争议调解仲裁法》第三十九条
当事人提供的证据经查证属实的，仲裁庭应当将其作为认定事实的根据。
劳动者无法提供由用人单位掌握管理的与仲裁请求有关的证据，仲裁庭可以要求用人单位在指定期限内提供。用人单位在指定期限内不提供的，应当承担不利后果。
