小规模纳税人开的增值税专用发票，应该是由税务部门代开的“征收率”为3%的增值税专用发票，这种代开的“征收率”为3%的增值税专用发票，可以抵扣，按照代开的增值税专用发票注明的税额抵扣。
值税专用发票抵扣规定是取得合法扣税凭证。纳税人取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
合法扣税凭证的种类：
增值税专用发票；
一般纳税人(从国内)购进货物或者应税劳务的进项税额，为从销售方取得的“增值税专用发票”上注明的增值税税额。
海关进口增值税专用缴款书；
一般纳税人进口货物的进项税额，为从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税税额。
农产品收购发票；
按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和规定的扣除率计算进项税额抵扣。
农产品销售发票；
代扣代缴税款的完税凭证；
符合规定的国内旅客运输发票。
