益生菌最好是在饭后二十分钟服用。饭后胃酸浓度降低，更有利于让活菌顺利地到达胃，发挥的作用。进入胃的食物可以消耗大部分胃酸，便有利于让大部分益生菌活着进入小肠。否则即使被选出的一部分已确定的，能到达小肠的益生菌菌群也难免会遭到损失，益生菌大大的折扣。
千万不能用沸水冲泡，会烫死益生菌，三十至四十度的温水刚刚好。冲泡的时候先调好水温，再将粉剂放到水中冲服，保证菌群的活性，冲剂后也不适宜适当的加热，同样的原理高温会杀害许多活性菌群。高温环境中菌群活性能力下降，只剩下一点，喝下对人身体也没有任何的好处。
