两者都是很重要的影像学检查手段，具体区别如下：1、CT是X线的断层显像，有一定辐射，不能接受辐射的人群不建议做CT，但CT检查用时短，同时对颅内出血、钙化等显像更为敏感；2、磁共振没有任何辐射，非常安全，小孩甚至孕妇都可以去做；3、磁共振对于脑部组织的分辨率更高，对脑灰白质、脑室甚至脑膜等组织显影远高于CT；4、但是，磁共振检查要求患者体内不能有金属物质；检查耗时较长，对于病人的一般状况有要求，如果病人生命体征不平稳，做磁共振检查会有一定风险；此外，有幽闭恐惧症患者也不能做核磁共振；5、因此，CT和磁共振检查各有优劣，具体选择哪种检查要遵医嘱。
