正如福斯特写给妻子的信中所说，马吉和福斯特留在南京的一个原因，是与其他２０多名留守外籍人士合作，共同建立安全区，以便为难民提供一个避难场所。
11月22日，由7位美国人、3位德国人、4位英国人和1位丹麦人组成的南京安全区国际委员会（以下简称“安全区委员会”）成立，约翰·拉贝任主席，马吉也是成员之一。委员会规划了3.86平方公里的安全区，在安全区内设立了金陵大学、金陵女子文理学院、金陵神学院等26个难民收容所。
除了安全区，福斯特提到的“鼓励护士和卫生员们忠于职守”，则与马吉和福斯特早已投身其中的救助伤兵行动有关。为了更有效地救助伤员，马吉打算在南京成立一个国际红十字会分会。“国际红十字会最早就起源于战争中对伤兵的救助，马吉打算成立分会，主要设想也是如此，希望接管中国军方未能撤走的伤兵医院，照看其中的伤员。”严海建解释说。
为此，早在12月6日，马吉就与已经撤退到汉口的中国红十字会总会联系，希望获得合法身份。可惜，由于战争的影响，马吉始终没有等到回信。
12月12日，南京城的形势危在旦夕。南京中央医院等安全区外的民用医院、药房全部撤离，只留下空袭后的一片狼藉。这天下午，马吉去了国民政府外交部，那里原本应该有一个军医院，但他只看到了大量伤兵，没有医生和护士。随后，他和福斯特一起去了军政部，那儿的伤兵更多，军队的医护人员却在准备撤退。这一切，让马吉不得不加快了筹备红十字会的步伐。
12月13日，几乎就在日军攻入南京城的同时，惨绝人寰的南京大屠杀的第一天，位于宁海路5号的安全区委员会总部里，马吉等人只用了10分钟，就正式成立了国际红十字会南京委员会（以下简称“红十字会”），筹备此事许久的马吉出任主席，福斯特担任秘书。由于当时留在南京的西方人士数量有限，红十字会委员与安全区委员有很多重叠的，实际上，他们后来的很多工作也是密切配合的。
根据日内瓦公约，伤兵和俘虏是不能杀害的。尽管如此，为了确保伤兵医院的安全，马吉还是通过安全区委员会与某些日本军官取得了联系，得到的答复是：“只要医院不藏匿士兵，医院将受到尊重，放下武器的士兵也不会受到伤害。”
马吉和其他工作人员很快忙碌起来，他们在城市的各个地方传递消息给中国士兵，希望他们解除武装，集中起来接受救助。同时，召集组织医护人员清理医院的垃圾，运走死者。13日晚上，100多名急救员开始在悬挂着红十字会标志的伤兵医院工作起来。
12月14日，安全区委员会主席约翰·拉贝在致日本司令官的信中，介绍了红十字会的工作，并特别提到红十字会昨天已经解除了外交部、铁道部和军政部三处伤兵医院的所有人员武装，确保这些地方仅用于医疗救治。
可是，马吉很快发现，日军根本不允许他们的善举。就在14日当天，马吉带着载满伤员的救护车到外交部，正在设法使能走动的伤员朝台阶上走的时候，一些日本兵来了。
马吉这样描述他们：“其中有些像是野兽，我正扶着一名可怜的伤兵，他痛苦地向前迈步，一个日本人把他从我身边拖开，猛地扭他受伤的脖子，把他的手捆在一起，并把另一名伤员的手也捆在一起。”幸运的是，正好有一名会德语的日本军医过来，马吉用不流利的德语说这是伤兵医院，并指给他看伤员们的血衣，军医这才给伤员松了绑。
运送另一车伤员时，马吉又遭到了日军的阻挠，以至于在给妻子的信中都难以压抑愤怒：“我们在门口遇到了一个怒气冲冲的军官，在这以前我从未见过这种人！他说话声音听起来像狗吠。如果我是可燃品的话，他的那副模样就像要把我烧掉。”
那天，马吉和工作人员共送去了三车伤员，此后，无论他如何抗议，红十字会的工作人员再也没有被允许进入医院，也再也没有见到过那些伤员，因为日军强占了早已解除武装的伤兵医院。
尽管如此，善良的马吉还是在日记里猜测，他们的努力可能挽救了外交部医院里数百名伤员及医护人员的性命。可是这些伤员最终的命运很可能还是被日军屠杀了。
日军第16师团长中岛今朝吾的日记曾提到这些伤兵，称“他们终究会因食物的匮乏而死亡”。日军第16师团一个伍长林正明也曾写道：“（中国伤兵）在一天天复元，应该怎么样处理这帮家伙呢？……按照国际惯例，是不能杀伤员的。如他们痊愈的话，就让他们到扬子江边，站在我们的Q口前，踏上长眠的旅程。如果他们没有痊愈，就让他们自己去死。”
战争是残酷的，每次战争中都不可避免出现伤兵，马吉和他领导的红十字会，初衷便是对伤兵进行人道主义救助。可是，马吉很快意识到，这次战争的残酷远远超出他的想象，超出他所了解的任何一次战争。残暴的日军不仅阻止他们救助伤兵，而且还对无辜的平民举起了屠刀，抢劫、强奸、屠杀每天都在发生，马吉经历了前所未有的恐怖。
