主要区别在于运营时间不同、地理位置不同、建筑面积不同、站台线路不同。
两个站是不同的站点，而且距离也相差好远。珠海北站是城轨进入珠海地界的第一个站，位于珠海金鼎。珠海站在珠海拱北，是珠海的中心地带。
一、运营时间不同
1、珠海北站：珠海北站于2009年开工建设；于2011年1月7日投入使用。
2、珠海站：珠海站始建于2009年；于2011年4月全面开工建设；于2012年12月31日正式开通运营。
二、地理位置不同
1、珠海北站：珠海北站位于珠海市香洲区金鼎镇金峰北路。
2、珠海站：珠海站位于珠海市香洲区拱北街道昌盛路5号。
三、建筑面积不同
1、珠海北站：珠海北站站厅建筑面积2500平方米，无柱雨棚结构投影面积达7500多平方米。车站共设两层，一层为站厅和设备用房，二层是站台。
2、珠海站：珠海站总建筑面积为69488.44平方米。珠海站主体建筑有四层，地下一、二层分别是出租车站场和社会停车位。地下换乘中心设有6个车行出入口。地上一层是售票和候车大厅，二层则是乘车的站台。
四、站台线路不同
1、珠海北站：珠海北站设计2台4线，途经线路是广珠城际铁路。
2、珠海站：珠海站站场规模为4台6线，途经线路为广珠城际铁路。
