焚烧秸秆最大危害就是污染大气，因为在焚烧秸秆的时候会产生大量的为二氧化硫二氧化氮等等，还有各种有害物质，同时可吸入颗粒物的浓度也比正常情况高很多，这样对人的眼睛鼻子都有一定的刺激。
焚烧秸秆的时候假如遇上大风，可能火势不受控制，甚至于点燃周围的物体，甚至于将山都烧掉了，只要引起大火就很难控制，尤其不要在大山附近烧火。焚烧秸秆可能会引起交通事故，因为其中弥漫的烟雾会让空气能见度持续下降，影响到正常铁路的运营。
焚烧秸秆不仅不会让土地更肥，反而会让耕地更加荒芜一些，土壤肥力受到了相应的影响，营养大量流失对土壤很是不利。根据不完全统计，燃烧一次秸秆可能让土壤肥力下降0.2-0.3个百分点，假如通过秸秆还田生成，需要5-10年的时间。通过燃烧秸秆，农田当中的微生物都被烧死，最终农田可能会变得板结很难种植。
