明代统治阶级大力推崇程朱理学，皇帝和皇后亲自编写《女戒》之类的书来提倡“女德”，极力表彰妇女贞节。据《明史-列女传序》记载，当时妇女因节烈殉死“着于实录及郡邑志者，不下万余人”，可见这种从肉体到精神的摧残是如何严重。在这种情况下，《牡丹亭》提出背叛封建礼教，无疑地有着强烈的积极的划时代意义。
更重要的是由于作者有进步的思想指导，有明确的反礼教的创作动机，剧本的思想内容更显得深湛。作者有意识地用情与理的冲突来贯穿全剧。情，就是人们真正的感情，在《牡丹亭》里它表现为青年男女对自由的爱情生活的追求。理，是指以程朱理学为基础的封建道德观念，在《牡丹亭》里它表现为封建教义和家长的专横对青年人身心的束缚。这种冲突既表现为杜丽娘、柳梦梅和封建家长杜宝之间公开的和面对面的斗争，也反映青年男女为摆脱封建传统势力的影响而作出的努力。这种从爱情的角度上表现的情与理的冲突，与明中叶的进步思想家反对程朱理学以摆脱礼教的束缚的思想解放运动，是一脉相通、遥相呼应的。正是在这个意义上，《牡丹亭》比同时代的爱情剧在思想上概括得更高，有着更进步、更深远的意义。
