1、信用风险。由于公司治理结构不规范，违规成本低，与企业财务状况紧密相连的风险提示处于空白状态。部分企业为了达到低成本融资的目的，对披露的财务数据、经营业绩进行一定的修饰，隐藏了一定的信用风险。如果现有制度安排中隐藏的信用风险得不到及时发现和披露，一旦市场扩容，或经济环境变化，都会使信用风险迅速扩大。少数企业违约的信用风险有可能通过市场传导为系统风险，甚至影响到整个金融体系的稳定。
2、滚动发行机制隐含“短债长用”的投资风险。按照现行规定，人民银行对企业发行融资券实行的是余额管理制度，监管部门只需要控制融资券待偿余额不超过企业净资产的40%就可以。这就使得部分企业有机会绕过中长期企业债的限制，通过滚动发行短融券进行长期融资。因为监管缺失，难以避免企业将通过短期债融入的资金来用作长期投资。任何中长期投资项目都面临着市场、技术、产品等方面的风险，随着短融券发行规模的扩大，其隐含的投资风险将会不断加大。
3、短期融资券风险可能会向银行转移。这主要体现在三个方面：一是隐性担保的潜在风险。由于短期融资券是无担保信用债券，不少企业将银行授信额度作为提高偿债能力的条件，而主承销银行出于自身利益，心甘情愿地为其提供隐性担保。所以，一旦出现违约风险，企业的信用风险就可能会向银行转移和积聚。
4、信用评级不够成熟，道德风险加大。突出表现在评级缺乏时效性，使得短期融资券发行时的评级出现终身化的倾向;评级手段落后，大多采用长期债券的评级方法，没有短期债券的特性;监管主体缺位，至今仍旧没有明确评级机构的监管部门，有关的法律法规不健全。
