因为扁鹊在世的时间和给人看病的时间有冲突，而且本身过于玄幻、夸张。无论怎样，专家们既然对扁鹊这个人物的身份存疑，那么就不能把他“言之凿凿”的记录于教材之上，以免误导后来的莘莘学子，影响到历史的真实性。
《韩非子·喻老》中，有一篇《扁鹊见蔡桓公》曾被选入了课本，其中“疾在腠理，汤熨之所及也；在肌肤，针石之所及也；在肠胃，火齐之所及也。”这样的病理分析，即使放在如今，也极具参考价值。但令人感到奇怪的是，随着时代的发展，扁鹊的故事却逐渐从我们的课本里消失了。
1、时间有冲突
据《史记·扁鹊列传》记载，扁鹊是战国时期的著名医学家，约于周威烈王十九年(公元前407)出生，周赧王五年(前310)去世，享年90多岁。第1个时间出入是给赵简子看病。从时间维度上看，赵简子生活在晋昭公期间，而晋昭公在位的时间是公元前531年至公元前526年。如此计算，赵简子和扁鹊不属于同一个时代的人，两者相隔100多年。第2个是扁鹊给虢国的太子看病在时间上有出入。据《史记》记载，扁鹊路过虢国时，发现虢君因太子得病而郁闷不已，于是帮助虢君解决问题，给太子开药方，不日后便病好。然而，在《隐公元年》中，虢国于公元前655年就已经被晋国灭亡，不可能存留到公元前407年，两者相距100多年的时间，虢国灭亡时扁鹊还没有出生。
第3个时间错误是扁鹊给蔡桓公看病，即课文中《扁鹊见蔡桓公》。然而，史料考证发现，历史上并没有蔡桓公这个人，当时只有“齐桓公”有这一称号，因此应当指代的是给“齐桓公”看病。不过，两人相差的时间年龄是200多年的时间，齐桓公在位的时间为公元前714年至前695年，他去世时距离扁鹊出身的407年还要早288年。
2、本身过于玄幻、夸张
《扁鹊内经·暧视篇》记载，扁鹊从小就得到一种“特别神奇”的能力，可以透过人体外层皮肤看见人体内部的运作，从而给人诊断疾病的根源和进行治疗。据《秦越人洞中咏》、《史记》等记载，扁鹊拥有的能力是望、闻、问、切，通过观望病人的气色、听闻病人的喘息之声和表现出来的状态、询问病人的病痛情况和为病人把脉来实现疾病的诊断，从而对症下药，而不是拥有透视眼，能一眼望穿病人哪里生病。因此，可以推断出的是《扁鹊内经》的记载不正确。
关于扁鹊是否真实存在的争议一直都有，不少专家们也都纷纷质疑扁鹊的身份，但有一点可以认证的是——扁鹊医术高超。而“扁鹊医书”的问世，有人认为不足以证明扁鹊真实存在，但是这个形象又是一直活跃在历史上的，所以就有专家认为，“扁鹊”并不只单单一个人，或许是古时候一种对医生的尊称，也就是一种职业敬称。无论怎样，专家们既然对扁鹊这个人物的身份存疑，那么就不能把他“言之凿凿”的记录于教材之上，以免误导后来的莘莘学子，影响到历史的真实性。秉着尽信书不如无书的理念，专家们综合考虑后，还是把扁鹊的有关教材内容删除，但这并不代表停止对这个形象的研究。
